| На данном рисунке изображена область контакта белка SYK1_ECOLI с молекулой лизина.
|
План генноинженерного эксперимента:
I. Возможно взаимодействующие с лизином аминокислотные остатки: GLU216, ASN424,
GLU278, GLU428, PHE426, GLU240, LEU474, GLY475, TYR280, ARG262
PHE426, GLY475, LEU474 - гидрофобные связи, но GLY475, LEU474 - остовом,
поэтому менять их не имеет смысла, как и GLY240, который связан (возможно)
водородными связями с лигандом с помощью своего кислорода пептидной связи.
II. К сожалению, лизин окружен очень большим количестовом аминокислотных
остатков, поэтому, даже если какая-нибудь замена и приведет к потере связывания
данного амнокислотного остатка с лизином, то полностью он все равно от белка
не оторвется. Поэтому можно предложить комплексную замену. Например, GLU240,
GLU428, TYR280 можно заменить на аланины, при этом, во-первых, нарушатся
водородные связи, во-вторых, расстояния между радикалами аланинов будут
слишком большие для взаимодействия.
III. Можно заменить ASN424 на глутамин. Они отличаются на одну -CH2- группу.
Поэтому, при этом расстояние между атомом азота и атомом OX лизина (лиганда)
уменьшиться и связь не ослабится, а возможно, даже увеличится.